Después de suspender su militancia como miembro del PP y dimitir de la alcaldía de su municipio, Panero debe enfrentarse a los cargos de los que le acusa el juez de la Audiencia Nacional, Baltasar Garzón, entre los que figuran asociación ilícita, cohecho, tráfico de influencias, fraude fiscal, blanqueo de capitales y falsedad.
Tras negarse a declarar ante Garzón hasta que se supiera qué tribunal se haría cargo de la investigación, Gonzalo Panero tendrá que defenderse del auto de imputación del juez de la Audiencia Nacional, el cual recoge las grabaciones de unas reuniones mantenidas entre el diputado de la Asamblea de Madrid, Benjamín Martín Vasco, y los principales sospechosos de la trama, Francisco Correa y Pablo Crespo; en ellas, el edil popular es citado en varias ocasiones en relación a la entrega de ciertas ‘cantidades de dinero’, según fuentes oficiales.